Com a bandeira de Portugal, o NRP Sagres já foi alvo de diversas homenagens e alcançou inúmeros prémios. Em 2008 o Prémio Defesa Nacional e Ambiente, o esforço de redução do impacto ambiental da operação do navio levou a que lhe tenha sido atribuída a Bandeira Azul e o Boston Teapot Trophy em 2009, e o Blue Flag Scheme da Sail Training International (STI) em 2010, tendo sido o primeiro grande veleiro do mundo a ser distinguido pela STI. Graças a tal, e por intermédio do navio, este galardão está a ser estendido também a outros grandes veleiros.